「臺灣雲林地方法院檢察處」於民國53年7月1日成立，雲林縣在未成立法院之前，民刑事訴訟案件及非訟事件，全由臺灣嘉義地方法院暨臺灣嘉義地方法院檢察處管轄。臺灣嘉義地方法院於民國45年4月間在雲林縣虎尾鎮公安路56號設立「臺灣嘉義地方法院雲林庭」，受理雲林縣除北港鎮、四湖鄉、口湖鄉、水林鄉以外，其餘十六鄉鎮市之民事案件；至刑事案件，仍由臺灣嘉義地方法院受理。民國46年間，臺灣嘉義地方法院檢察處以雲林縣距離辦公地點遙遠，在虎尾鎮院前街毗鄰「雲林庭」之處，成立「臺灣嘉義地方法院檢察官雲林辦公處」。該處所亦為「臺灣雲林地方法院檢察處」成立伊始之辦公場所。本署與臺灣雲林地方法院目前共同使用之辦公大廈（即本署第一辦公室），於民國54年底完工啟用，為首任院長褚劍鴻、首席檢察官石明江籌建。後因業務量及人員增加遽速，經多次擴建仍不敷使用，適於89年間，臺灣雲林看守所遷建啟用後，所遺留舊辦公廳舍移撥本署使用，設立本署第二辦公室。
民國78年12月24日配合法院組織法修正，「臺灣雲林地方法院檢察處」再更名為「臺灣雲林地方法院檢察署」，機關首長"首席檢察官"同時改稱"檢察長"。法院組織法增訂第114條之2、法務部組織法修正第5條條文經總統107年5月23日公布，自107年5月25日起生效，檢察機關名稱去法院化，地方法院檢察署改稱地方檢察署，本署更名為「臺灣雲林地方檢察署」。

歷史沿革過程：
民國45年4月設立「臺灣嘉義地方法院雲林庭」
民國52年成立「臺灣嘉義地方法院檢察官雲林辦公處」
民國53年7月1日成立「臺灣雲林地方法院檢察處」
民國78年12月24日更名為「臺灣雲林地方法院檢察署」
民國107年5月25日本署更名為「臺灣雲林地方檢察署」

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