本署隸屬臺灣高等檢察署臺南檢察分署、主要任務為追訴犯罪、指揮刑事裁判之執行、推動司法保護工作藉以維護社會治安、防制犯罪、保障人民生命、財產之安全。本署置檢察長1人、主任檢察官、檢察官、檢察事務官、法醫師（檢驗員）各若干人。
設書記處、觀護人室、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室等一級單位、書記處之下並設紀錄科、執行科、文書科、總務科、研考科、等5科及法警室。

檢察長職掌：
督導全署檢察及行政業務、此外依法監督法務部矯正署雲林監獄、法務部矯正署雲林第二監獄、法務部矯正署雲林看守所及法務部矯正署雲林少年觀護所。
主任檢察官職掌：
   一、專組專人事務監督。
   二、辦案檢察官書類之審核。
   三、承辦檢察官例案陳述、行政審核或決行。
   四、行政業務分工事項之督導。
   五、檢察長交辦事項及其他有關事務之處理。
檢察官職掌：
   一、偵查犯罪。
   二、公訴蒞庭互動詰問。
   三、刑事執行業務。