觀護業務主要在協助個案啟發復原力，能順利回歸社會，降低再犯；目標在修正偏差行為與扭曲之認知觀念，並評估個案動、靜態危險因子，經觀護人制定處遇方針後，透過觀護人及榮譽觀護人引導，結合社區資源，重新建構社會規範以降低其再犯的可能性。
觀護人於執行保護管束及其他觀護業務時，除需因時、因地、因人制宜之外，尚需加強志工及地方資源之協助運用，方能給予個案最有效之監督輔導，營造司法保護為維護社會治安的穩定力量。本署觀護業務執行特色如下：
一、加強核心個案執行之深度與廣度 依受保護管束人情況分級分類，並依法製作分級分類表、問題類型分析表及輔導計畫表。每月至少約談、訪視及查詢前科表一次，以了解受保護管束人實況而隨時調整是否除管。
二、積極辦理毒品犯尿液採驗及反毒教育工作，並輔導進入毒品減害之替代療法： 本署觀護人依現行「毒品危害防制條例」及相關法規之規定，策力執行毒品犯受保護管束人尿液採驗業務。除全程監控尿液採驗流程，防範夾帶假性檢體及人為弊端之外，對呈陽性反應之檢驗結果，均主動迅速陳報檢察官依法偵辦遏止毒品蔓延。對於無業或生活型態不正常者，則維持第一、二階段之尿液採驗程序，以密集驗尿措施，降低其吸毒之僥倖心態。此外，並定期對個案進行個別、團體治療及愛滋病防治宣導教育及連繫轄區戒毒單位協助毒品案受保護管束人戒除身、心毒癮，以提昇其戒毒動機與拒毒信心，減輕毒品之殘害，另外依據毒品減害之規劃，輔導毒品個案進入替代療法。
三、性侵害案件由專股改為專組觀護人辦理強化監督監控，針對中高危險群之性侵害個案實施電子科技監控： 本署針對性侵害案件之受保護管束人採取高度監控與管理方式，主動連繫相關機構執行性侵害案件加害人身心治療及輔導教育，定期進行資料評估研討、診斷，以形成輔導策略，防止此類高再犯率個案之週期性、重覆性犯罪行為。觀護人除參與相關評估、鑑定會議之外，並定期與轄區家庭暴力暨性侵害防治中心及醫療處所、警政單位成立「社區監督輔導小組」，成員組成由主任檢察官、觀護人、警察人員、性侵害防治中心、衛生局負責承辦性侵害案件人員及執行機構之治療輔導人員組成。並由主任檢察官為召集人。
四、加強實施複數監督以預防再犯： 本署觀護人按受保護管束人性格、行為、背景之不同，依犯罪預測結果分為高、中、低再犯危險三等級，於診斷及評估受保護管束人犯罪行為問題癥結後，以個別化、專一化之監督輔導，並建立警、醫、社、教等機構連繫窗口，匯流成綿密之觀護輔導網絡，透過個案定期約談、訪視、問題評估、危機處理等過程，以實施複數監督方式，消弭犯罪於無形。核心個案直接由雲林縣警察督導各分局查訪素行，按月回報，部分案件由榮譽觀護人實施社區素行追蹤監控及雙軌平行列管方式進行複數監督。
五、刑事一審辦案系統的運用提升工作效率： 針對觀護工作的一審系統的輸入問題加以研商，對於有些 工作的電腦輸入加以檢討並作分析，以提高本署的執行率。
六、運用榮譽觀護人，協助執行個案及辦理法治教育活動： 多運用本署榮譽觀護人協助本署輔導受保護管束人，並多辦理對於榮譽觀護人的法律訓練，增加對於本署的助益。
七、多加辦理團體輔導、團體諮商： 作專業的工作分組，針對本署的受保護管束人的犯罪特性，分別辦理各種團體諮商、團體治療，協助受保護管束人更了解自己而改善自我的行為。
八、多樣化的辦理緩起訴及緩刑中社區處遇業務： 針對本署的轄區特性及緩起訴被告的特殊性，多樣化的實施緩起訴社區處遇，並作適度的行銷，以增強本署的緩起訴的績效。
九、擴大社區生活營之推動與實施： 持續投入本署的有限資源在最弱勢的社區生活營學生身上，減少一位中輟的學生，就是對社會多一份預防犯罪的力量。