案件經檢察官提起公訴後,本署會將案卷送臺灣雲林地方法院審理,經審理後,法官依審理結果作判決書,此時被告或告訴人於收受判決書後,對該判決不服時,可於10日內提起上訴,案卷送二審審理,若於二審確定(未再上訴三審),案件將送臺灣高等法院台南分院檢察署,再由臺灣高等法院台南分院檢察署將卷送本署執行,本署依判決內容通知受刑人至本署執行。