本署隸屬臺灣高等檢察署臺南檢察分署，主要任務為追訴犯罪、指揮刑事裁判之執行，推動司法保護工作藉以維護社會治安，防制犯罪、保障人民生命、財產之安全。本署置檢察長1人、主任檢察官、檢察官、檢察事務官、法醫師（檢驗員）各若干人。

設書記處、觀護人室、法醫室、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室等一級單位，書記處之下並設紀錄科、執行科、文書科、總務科、研考科、等5科及法警室。此外，本署檢察長並依法監督法務部矯正署雲林第一監獄、法務部矯正署雲林第二監獄、法務部矯正署雲林看守所及法務部矯正署雲林少年觀護所。